Şairin ilk evləndiyi qadın Dərbənd hakiminin göndərmiş olduğu qıpçaqlı bir kəniz olmuşdur. Bu türk qızını Nizami Gəncəvi son dərəcə sevmiş və onunla 1173-cü ildə (32 yaşında) ailə həyatı qurmuşdur. Canı kimi sevdiyi yeganə oğlu Məhəmmədin anası həmin türk gözəli olmuşdur. Qıpçaq gözəli Afaq şair "Xosrov və Şirin" əsərini yazan zaman 1180-ci ildə dünyasını dəyişmişdir. Məhz Afaqa olan məhəbbəti Nizaminin yaradıcılığına yeni axar gətirir. «Xosrov və Şirin» (1180) poemasını bitirəndə Məhəmmədin yeddi yaşı, «Leyli və Məcnun» (1188) poemasını yazanda isə Məhəmmədin on dörd yaşı var idi. Şair dünya ədəbiyyatında misilsiz gözəllik örnəyi kimi yaratdığı Şirinin öz həyat yoldaşı Xosrovun cənazəsi üstündə fədakarlıqla can verdiyini təsvir edərkən öz qadınını nəzərdə tuturmuş.
Dahi şair həyat həmdəmi Afaqın vəfatından bir qədər sonra Gövhər adlı xanımla evlənir. Nizami Gəncəvinin Əlamüt şeyxləri ilə münasibəti pis olub. Bəzi mənbələrə görə, Azərbaycan Atabəylər Dövlətinin görkəmli hökmdarı Qızıl Arslan Gəncənin yaxınlığında yerləşən Həmduniyan kəndini böyük şairə bağışlayır. Kəndin əvvəlki sahibi isə Əlamüt ilə əlaqədə olan birisi imiş. Nəticədə kəndin əlindən çıxması ilə barışmayan həmin şəxs, kömək üçün Əlamüt ismaililərinə müraciət edir və himayə istəyir. Çox keçmir ki, Nizami fədailərdən məktub alır. Məktubda təklif edilir ki, şair Qızıl Arslanın bağışladığı kəndi köhnə sahibinə qaytarsın və cümə məscidinə gedib tövbə namazı qılsın. Bir tərəfdən atabəy Qızıl Arslanı, digər tərəfdən isə Şirvanşah Axstanı özünə arxa bilən Nizami Əlamüt şeyxinin xəbərdarlıq məktubuna əhəmiyyət vermir. İsmaililər bir neçə dəfə xəbərdarlıq kimi, şairə göndərilmiş hədiyyə karvanlarını qarət etsələr də, şair bunu da ciddiyə almır. Nəticədə həmin dövrün Əlamüt şeyxi Çalqara daisinə şairi «cəzalandırmaq», Həmduniyan kəndini isə əvvəlki sahibinə qaytarmaq barədə fitva verir. Çalqara daisi isə öz növbəsində müridlərdən birini şairin ardınca göndərir. Eyni zamanda Əlamüt müridlərinə qarşı amansız təqibə başlayan atabəy Qızıl Arslanı cəzalandırmaq üçün bir neçə fədai yola düşür. İkincilər məqsədlərinə çatırlar, atabəy öldürülür. Birinci tapşırıqla bağlı isə hər şey nəzərdə tutulduğu kimi olmur.
1188-ci ildə Fədailər sonuncu xəbərdarlıq kimi, gecə şairin evinə girib balıncının yanına bıçaq saplayırlar. Bunun da nəticəsiz olduğunu görən qatillər növbəti gecə evə basqın edirlər. Lakin səhvən Nizami Gəncəvinin yerinə həyat yoldaşı Gövhəri öldürürlər...
Nizami Böyük Qafqaz dağlarını gəzəndə, Qumdakı bir yüksəklikdən Kəpəz dağını seyr edərmiş. Bunu bilən Atabəy hökmdarı Qızıl Arslan bu kəndi sevimli şairinə bağışlayır. Hətta onu kənddən Ağca adlı bir qızla evləndirir. Nizaminin üçüncü arvadı Ağca adlı xanım olur. Şairə çox ehtiram edən Ağcanın qohumları onunçün Qumda qala – qəsr tikdirirlər. Deyilənlərə görə, Nizami Gəncəvi arvadı Ağca xanım ilə yay aylarında buralara gəlib dincəlirmiş. Amma şairin xoşbəxtliyi uzun çəkmir. Ağcanın vaxtsız ölümündən sonra Nizaminin bu yerlərdən əli – ayağı kəsilir. Qızıl Arslanın ona bağışladığı Qumdakı qala da sahibsiz qalır.
Nizami 1209-cu il martın 12-də 68 yaşında dünyasını dəyişib. Vəfatının dəqiq tarixini 30-cu illərdə tapılmış baş daşına əsasən müəyyənləşdirmək mümkün olub. Başdaşında yazılmışdır: "Bu, müqəddəs şeyx Nizaməddin mövla Əbu Mühəmməd ibn-İlyas ibn-Yusif ibn-Zəkinin qəbridir. O, altı yüz beşinci ildə orucluq ayının dördüncü günü allahın rəhmətinə getdi."
